Zur Entstehung der Kirche:
Die grundsätzliche Genehmigung mit Ministerialbescheid zur eigenständigen Kirchengemeinde mit Pfarrvikariat für damals etwa 400 protestantische Bewohner des erst 5 Jahre alten Ortes Königsbrunn ist auf den 11. Dezember 1847 datiert.
Da das am Sonntag als Gottesdiensthaus genutzte Schulgebäude zu klein wurde, kam bereits im Jahr 1850 der Wunsch nach einer Kirche auf. Ein Antrag hierfür wurde am 31. Juli 1852 wegen Geldmangel abgelehnt. Ab dem Jahren 1855 wurde der Bau dringlich eingestuft. Ein erster Planentwurf für eine protestantische Kirche von Zivilbauingenieur Hoffmann aus Augsburg (dem Architekt von St. Ulrich in Königsbrunn) wurde vorgelegt. Dieser wurde jedoch am 8. Januar 1857 vom evangelischen Oberbaurat Friedrich Bürklein einer Umarbeitung im neugotisch beeinflußten Maximilianstil unterworfen. Dieser überarbeitete Plan wurde in der Folgezeit zum Bau genehmigt.
Die Grundsteinlegung für die Kirche erfolgte schließlich am 4. Mai 1859 „nach dem Entwurfe des Oberbaurates Bürklein von München“. Zu dieser Zeit hatte die protestantische Kirchengemeinde Königsbrunn bereits 430 Mitglieder.
Die Fertigstellung und Einweihung konnte nach einer unfallfreien Bauzeit von nur zwei Jahren am 24. Juni 1861 gefeiert werden. Als Namensparton der Kirche wurde Johannes der Täufer gewählt, der am Einweihungstag seinen Gedenktag hat.
Nach Renovierungen in den Jahren 1889, 1929, 1960 wurde die Kirche innen mehrmals umgestaltet. Bei der letzten Renovierung 1982/83 wurde aufwändig die ursprüngliche Raumgestaltung ermittelt und so erscheint die Kirche innen wieder in der ursprünglichen Wandfarbe zu Zeiten der Einweihung.